La construcción de la nueva iglesia parroquial de Misión Basilica San Capistrano fue concluida en el año 1986. La iglesia fue diseñada al modo de la Gran Iglesia de Piedra que fue destruida en el gran terremoto de 1812. Las ruinas de la Gran Iglesia de Piedra están localizadas en los terrenos de la Misión Histórica, la cual esta abierta a visitantes diariamente.

Con tan solo una porción de la Iglesia de Piedra perdurando, no fue posible la construcción de una replica exacta. La investigación sobre iglesias similares en California y México ofreció información sobre los elementos perdidos. Las paredes de esta iglesia son de dos pulgadas en grosor. Se eligieron materiales y técnicas modernas al construir para poder resistir sismos.

Los diseños de las paredes interiores fueron diseñados y pintados por el artista, Dr. Norman Neuerberg. El Dr. Neurberg estudio la Gran Iglesia de Piedra y visito la Isla de Mallorca, España, el país natal de San Junípero Serra, fundador de la Misión. Le tomaron dieciocho meses, al Dr. Nuerberg, terminar las pinturas en las paredes del interior.

El 23 de octubre de 1986 se celebró la primera misa en la iglesia nueva. Antes de esto se ofrecieron misas en la iglesia aun incompleta en la Navidad de 1984 y Pascua de 1986. Fue hasta el 8 de febrero de 1987 que el Cardenal Timothy Manning oficialmente dedico la iglesia.

En el Jubileo del Año 2000, el Papa Juan Pablo II proclamo como Basilica a la Iglesia Misión Basilica San Juan Capistrano. Este es un gran honor concedido por la Santa Sede a iglesias que lograron un significado especial histórico, religiosos y cultural. A las iglesias que se les otorga este título tienen una relación especial con la Santa Sede. Son designadas como lugares adonde el Santo Padre y el ministerio pretino son honrados y sustentados con una solemnidad singular.  

Una iglesia honrada como Basilica se convierte en un lugar especial de reunión – un centro de peregrinaje – para una comunidad de fe más grande y con vínculos especiales a la Santa Sede quien otorgo el titilo.

El 19 de marzo del 2003, durante la Fiesta de San Jose, la Conferencia Nacional de Obispos Católicos de los Estados Unidos designo a Misión Basilica como Santuario Nacional. Este gran honor fue en reconocimiento al servicio eficaz que realiza la Misión a la vida devocional, espiritual, y litúrgica de los peregrinos que llegan a visitar de toda la nación y la comunidad internacional. Como Santuario Nacional, Misión Basilica San Juan Capistrano es oficialmente sancionada y recomendada como lugar de peregrinaje. Esta comprometida a inspirar y fomentar una renovación mas profunda a la búsqueda emprendida por peregrinos religiosos.